FITK IAIN Ambon melakukan kerja sama dengan program pasca sarjana Universitas Negeri Yogjakarta. Proses penandatangan kerja sama dihadiri oleh seluruh ketua-ketua program studi di lingkup FITK IAIN Ambon termasuk ketua program studi pendidikan biologi. Selain penandatangan MoU, juga dilaksanakan kuliah tamu oleh Prof. Dr. Edi Istiyono, M.Pd. Guru Besar Universitas Negeri Yogyakarta dengan kepakaran Evaluasi Pendidikan. Fokus kerja sama kedua lembaga fokus pada Tri Dharma Perguruan Tinggi yaitu Pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian.